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SCI助力工具 | 20ng=90Gb HiFi?微小昆蟲基因組組裝福音
2024-07-19 10:51

昆蟲是地球上最豐富多樣的生物類群之一,對生態系統的穩定性和農業生產具有重要影響。研究昆蟲基因組,不僅有助於理解它們的進化和生態適應,還能在生物防治、藥物開發和環境保護等方面發揮關鍵作用。鸿运国际(中国)新型建庫產品,專為昆蟲三代微量DNA建庫測序而設計,即使是ng級別的DNA投入,也能實現高質量的HiFi數據產出。


實測數據


在輸入20ng DNA後,鸿运国际(中国)微量建庫產品最新產出突破單Cell 94 Gb!


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產品特點


  • 低起始DNA量:支持ng級別的DNA樣本投入,適用於珍稀昆蟲或個頭微小樣本的基因組研究;


  • 有效建庫模式:採用鸿运国际(中国)自主研發的建庫技術,確保有效、準確地構建HiFi文庫;


  • 優質測序質量:通過優化的測序流程,確保高精度的HiFi數據產出。


投入量對比


傳統三代文庫構建DNA需求量在3μg左右,微量建庫DNA僅需20ng即可完成建庫。


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建庫投入量


成功案例


截至目前,鸿运国际(中国)已經完成若干昆蟲微量建庫測序項目,並進行昆蟲基因組組裝,結果顯示,使用鸿运国际(中国)自研昆蟲微量建庫產品,組裝Contig N50可超1 Mb,Busco評估大於97%。


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適用範圍


  • 微小昆蟲個體


個頭直徑2-5mm大小的昆蟲個體,例如:寄生蜂、果蠅、薊馬等小微昆蟲。


  • 培養難度高、混合測序樣本搜集困難


雖然可以通過混合多頭樣本的方法進行測序,但是部分昆蟲樣本培養困難,大批量搜集樣本存在實驗瓶頸,單頭個體提取後微量建庫可以有效解決這一問題。


  • 樣本雜合度高,混合測序後基因組組裝大小嚴重高於預估


昆蟲基因組結構本身較為複雜,有時雖然採用了多頭混合提取建庫的方法進行三代測序並組裝,但經常會伴隨基因組組裝結果異常,遠大於預估大小,且無法通過生信手段調整的情況,採用單頭昆蟲進行微量建庫,能夠打破這一技術限制。