雖然雙胎及多胎妊娠總體血漿cffDNA含量上升，但2個胎兒貢獻到母體的濃度是不一致的，若其中一個胎兒的cffDNA含量低於4%，會存在假陰性風險。如果雙胎中有一胎停育，殘留在母體的cffDNA會干擾檢測，影響NIPT檢測準確性。
