《「十四五」推進農業農村現代化規劃》提出要加快實施農業生物育種重大科技項目，有序推進生物育種產業化應用！這不僅強調了生物科技與信息、智能等數碼技術的深度融合，還讓我們看到了農業現代化的未來趨勢！劃重點，國自然基金申請中關於「數據庫構建」的經費越來越多了！基因大數據時代，專屬於每一個物種的數據庫，可以為科研與育種工作提供豐富的數碼化資源！
物種數據庫對於發paper重要嘛？小編整理了關於利用組學數據開展生物信息分析和搭建數據庫平台的高分文章，真的是層出不窮！下面給大家分享兩個組學和數據庫背靠背發表高分文章的案例。
水稻泛基因組與數據庫
華中農業大學聯合多個國內外高校與科研機構在Nature Communications（IF=16.6）與Molecular Plant（IF=27.5）期刊連續發表兩篇研究論文，以代表亞洲稻群體結構的高質量基因組為研究對象，構建並分析基因組倒位圖譜，建成基於同源基因簇的水稻泛基因組綜合數據庫-Rice Gene Index (RGI)。
該研究利用16個亞洲栽培稻亞群代表性種質高質量基因組、57個篩選後的公開基因組以及2個新組裝的野生近緣種高質量基因組構建亞洲栽培稻泛基因組倒位圖譜，探討了亞洲水稻的亞種群結構和演化，通過構建全基因組倒位圖譜來進一步估計亞洲稻中倒位頻率，倒位變異對基因表達、重組率和連鎖不平衡的影響，揭示了亞洲水稻泛基因組中倒位變異的普遍性[1]。
該研究通過整合和利用亞洲栽培稻代表性種質的基因組信息，進行綜合比較分析，建立了基於同源基因簇的泛基因組數據庫Rice Gene Index（RGI, http://riceome.hzau.edu.cn/），為全球水稻研究人員提供免費在線檢索和分析服務[2]。
狼尾草泛基因組與數據庫
四川農業大學聯合國內外多家機構在Nature Genetics（IF=30.8）和Plant Biotechnology Journal（IF=13.8）期刊上先後發表兩篇學術論文，以狼尾草高質量基因組為研究對象，構建了美洲狼尾草圖形泛基因組，建成了一個詳實、系統的millets多組學數據分析平台。
該研究組裝了適應全球不同氣候的10個美洲狼尾草代表性種質的高質量染色體序列，構建了圖形泛基因組圖譜，共鑑定了424,085個結構變異，並揭示了結構變異對其優良耐熱性的貢獻。整合了多組學分析並輔以基因功能驗證，發現RWP-RK類轉錄因子家族的擴張和SV參與調控內質網系統基因的表達改變，共同促進了美洲狼尾草優異耐熱性狀的形成[3]。
該研究數據庫涉及millets一類及其相關物種的18個基因組、美洲狼尾草圖形泛基因組、抗逆相關的多組學數據和20個產量性狀相關的GWAS數據等[4]。
其他數據庫高分文章展示
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參考文獻：
[1]Zhou Y, Yu Z, Chebotarov D, et al. Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation structure of Asian rice. Nat Commun. 2023;14(1):1567.
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[3]Yan H, Sun M, Zhang Z, et al. Pangenomic analysis identifies structural variation associated with heat tolerance in pearl millet. Nat Genet. 2023;55(3):507-518.
[4]Sun M, Yan H, Zhang A, et al. Milletdb: a multi-omics database to accelerate the research of functional genomics and molecular breeding of millets. Plant Biotechnol J. 2023;21(11):2348-2357.
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[7]Zhu Y, Wang Z, Zhou Z, et al. HEMU: An integrated comparative genomics database and analysis platform for Andropogoneae grasses. Plant Commun. 2023.
[8]Lu K, Pan Y, Shen J, et al. SilkMeta: a comprehensive platform for sharing and exploiting pan-genomic and multi-omic silkworm data. Nucleic Acids Res. 2024;52(D1):D1024-D1032.
[9]Yang S, Zong W, Shi L, et al. PPGR: a comprehensive perennial plant genomes and regulation database. Nucleic Acids Res. 2024;52(D1):D1588-D1596.
[10]Ranawaka B, An J, Lorenc MT, et al. A multi-omic Nicotiana benthamiana resource for fundamental research and biotechnology. Nat Plants. 2023;9(9):1558-1571.
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