細胞標誌物（Cell Marker）是用來對細胞定義和分選的重要標誌，無論是在流式細胞術等濕實驗對特定細胞類型進行捕獲，還是在單細胞測序數據中精確鑑定細胞類型，都需要藉助Cell Marker。2018年，哈爾濱醫科大學李霞教授團隊建設完成CellMarker數據庫[2]。2022年，CellMarker 2.0數據庫升級版在Nucleic Acids Research發佈[3]，新增一系列單細胞測序數據分析相關的功能，CellMarker 2.0亮點可以概括為以下幾個方面：
1）新增36,300個組織細胞類型標記條目、474個組織、1,901個細胞類型和4,566個marker基因。當前版本招募了26,915個marker基因、2,578個細胞類型和656個組織，總共有83,361個組織細胞類型標記條目；
2）新增來自10x Chromium、Smart-seq2、Drop-seq等48種測序技術來源的標記信息；
3）新增29種細胞標記，包括蛋白編碼基因、lncRNA、假基因等；
開發了6種靈活的網絡工具，包括細胞注釋分析、細胞聚類分析、細胞惡性分析、細胞分化分析、細胞特徵分析和細胞通訊分析，用於單細胞測序數據的分析和可視化。
CellMarker 1.0
網址：
http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
http://xteam.xbio.top/CellMarker/
包括小鼠等的細胞類型的marker基因收集。
CellMarker 2.0
網址：
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
http://117.50.127.228/CellMarker/
CellMarker 2.0功能介紹
小鼠marker基因
與舊版本相比，CellMarker 2.0除豐富了marker基因的數目和細胞種類外，最主要的是增加了scRNA參考文獻的marker基因表格。
Cell tools
目前cell tools功能可以對網站上已有的單細胞數據和細胞類型（目前不能上傳個人數據）進行各種分析，包括：cell annotation（特定組織細胞類型基因熱圖展示）、cell clustering（某個數據集細胞類型umap/tsne可視化）、cell malignancy（某個數據集細胞類型infercnv結果展示）、cell differentiation（某個數據集細胞類型發育軌跡展示）、cell feature（某個數據集細胞類型基因集可視化繪圖）、cell communication（某個數據集細胞類型細胞通訊分析）。
以下小編給大家分享前3種功能展示，其他功能使用方法類似。
cell annotation
選擇物種和組織，輸入要繪製的基因list，便可以呈現在各個celltype的基因表達熱圖情況（細胞類型較多的時候，legend會擠在一起），如下圖所示。
cell clustering
可以選擇某個數據集，對其cluster和celltype進行umap/tsne展示，還可以查看每個cluster的marker基因表格，但沒有按照celltype定義的marker基因表格，如下圖所示。
cell malignancy
可以選擇某個數據集，所有細胞類型進行infercnv結果展示，如下圖所示。
常見細胞類型marker基因
PTPRC,CD3E,CD3D,CD3G,CD4,CD8A,CD8B,NKG7,GNLY,MKI67,CD79A,MS4A1,IGHG1,CD79A,MZB1,IGLC2,CSF1R,CD68,S100A8,S100A9,FCGR3B,CSF3R,MS4A2,TPSAB1,TPSB2,CPA3,EPCAM,VWF,PECAM1,FN1,COL1A1
以上是關於CellMarker 2.0數據庫的核心內容介紹，有問題的小夥伴們可以在安諾基因公眾號後台給我們留言哦~
參考資料
[1] http://117.50.127.228/CellMarker/index.html #官網
[2] CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018.
[3] Hu C, Li T, Xu Y, Zhang X, Li F, Bai J, Chen J, Jiang W, Yang K, Ou Q, Li X, Wang P, Zhang Y. CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D870-D876. doi: 10.1093/nar/gkac947. PMID: 36300619; PMCID: PMC9825416.
