單細胞測序技術作為生命科學領域的革新技術,推動了神經科學、免疫、癌症等領域的發展和研究,已成為生命科學研究領域的焦點。經過十餘年的發展,單細胞測序技術在通量、多組學、測序等方面都有了長足的發展。近幾年來,空間維度的轉錄組測序技術獲得了迅猛發展。本期專題讓我們走進空間轉錄組,了解一下空轉目前的應用進展。
論壇第四期,也是我們的收官之作,現已順利結束。本期有幸邀請到山東大學的張曉魯教授,10x Genomics的吳非博士,華中農業大學的史倩倩博士。下面是小編為大家帶來的報告精彩回顧。
張曉魯教授分享了空間組學技術及其應用實例。在眾多空轉技術中,10x Genomics Visium空轉技術更為大家熟知。張老師分享了Visium技術的發展史,概括了Visium應用領域,通過兩篇文章分享了Visium在發育與免疫方向的應用實例,同時分享了自己的課題思路,系統地為大家介紹了Visium空轉技術的科研工具定位。
吳非博士帶來了題為「結合單細胞和空間技術構建生物學新洞見」的報告。作為10x Genomics高級技術應用專家,吳博為大家系統全面的介紹了10x Genomics多組學產品,單細胞系列(scRNA-Seq,VDJ,表面蛋白,sn-ATAC,ATAC+GEX雙組學)與空間轉錄組系列(FF與FFPE)。着重對ATAC+GEX雙組學,scRNA-Seq+Visium應用進展進行了分享。
史倩倩博士分享了淺談機器學習方法在單細胞聚類和空間聚類上的使用。目前空間轉錄組常與單細胞轉錄組技術一起應用,兩者之間的數據關聯方式,也是時下比較熱門的研究方向。史老師重點分享了一些自己在單細胞和空間轉錄組關聯方面的分析和算法。